O espanhol Don Jaime Partagás Ravelo á muito que trabalhava no negócio do tabaco cubano, antes de estabelecer a sua própria fábrica no ano de 1845, em Havana, uma das maiores fabricas no seu tempo. O nome da fábrica, Partagás Real Fábrica de Tabaco, supostamente foi escolhido devido ao status de Don Jaime como fornecedor de charutos da nobreza europeia e também  asiática. Dom Jaime era proprietário das melhores plantações de tabaco da região de Vuelta Abajo, em Cuba, e o conhecimento que adquiriu ao longo dos anos na escolha do melhor tabaco cubano, fizeram da marca, uma marca de sucesso. Acredita-se que Don Jaime também teria muita experiência nos vários métodos de fermentação e envelhecimento do tabaco, é também a primeira fábrica de charutos cubanos a contratar um leitor profissional para entreter os enroladores de tabaco.

Dom Jaime foi assassinado numa das suas plantações em 1864, supostamente por um rival ciumento com quem tinha disputado um dos seus amores, seu filho José Partagás assumiu o negócio nessa data. Mais tarde a fábrica e a marca foram vendidas a um banqueiro chamado José A. Bance, que por sua vez as vendeu à empresa de Cifuentes, Fernández & Cia em 1900. Em 1916, Don José Fernández parece ter deixado a empresa e Llano Cifuentes Ramón juntou-se com Francisco Pita Pego para formar a nova empresa de Cifuentes, Pego & Cia. Em 1927, a empresa iria adquirir os direitos sobre a marca Allones Ramón e em data desconhecida a fábrica começou a produzir uma marca com o nome do seu proprietário, Cifuentes.

Cifuentes morreu em 1938 e Pego em 1940, deixando exclusivamente a família Cifuentes no controle da prestigiada fábrica e respectivas marcas (não se sabe por que razão os herdeiros de Pego não reivindicaram a sua herança), nessa altura o nome da empresa foi alterado para Cifuentes & Cia. Mais tarde em 1954, a família Cifuentes adquiriu as marcas Bolívar e La Gloria Cubana a José F. Rocha e começou a produzi-los na sua fábrica. No ano de 1958 a Fábrica Partagás foi o segundo maior exportador de charutos cubanos, representando mais de um quarto de todos os produtos de tabaco exportados.

Antes e depois da revolução, a fábrica de Charutos Partagás tem sido uma das marcas mais respeitadas no mercado e com o maior numero de charutos vendidos em todo o mundo. Em meados dos anos 90 a marca Partagás era a segunda marca mais vendida de Charutos Cubanos, logo a seguir ao aos Montecristo, com vendas anuais de aproximadamente 10 milhões de charutos.

A antiga fábrica de charutos Partagás, em Havana, agora rebatizada com o nome Fabrica Francisco Pérez Germán, ainda é responsável por grande parte da produção anual da marca Partagás e provou ser um dos destino turístico mais populares entre os fumantes de charutos Cubanos de férias em Cuba.

Em 2002, quando a empresa Altadis comprou uma grande participação na empresa Cubana Habanos, SA, uma série de mudanças na produção de charutos cubanos foras instituídas. Uma dessas mudanças foi a decisão de alterar gradualmente as diversas marcas de charutos cubanos, ou seja, mudar as linhas de cada marca para linha de charutos totalmente produzidos á mão ou totalmente produzidos á maquina, reduzindo assim o número de tamanhos redundantes dentro da mesma linha, outra das medidas foi o corte na produção de charutos com vendas muito baixas. A fabrica de charutos Partagás, que produzia uma grande variedade de charutos feitos à mão, bem assim como feitos à máquina, teve várias de suas vitolas cortadas da produção, para grande desespero dos conhecedores de todo o mundo.

Desde a introdução dos lançamentos anuais das Edições Limitadas, a Partagás adicionou ás suas linhas um tamanho especial, feito quase todos os anos, a Pirâmide em 2000, a série D numero 3 em 2001, a série D numero 2 em 2003, a série D numero 1 em 2004, uma reedição da série D numero 3 em 2006 e a série D numero 5 em 2008. Em 2005, a Partagás introduziu uma nova linha à sua produção regular, uma pirâmide chamada Série P numero 2. Esta nova linha de charutos cubanos tem-se revelado extremamente popular entre os apreciadores de charuto.

A Partagás também produz duas Cigarrilhas feitas á maquina o Mini e o Club, e uma marca de cigarros.